朱肱研究伤寒最重经络,认为不识经络,则犹触途冥行,不知邪气所在。在用经络循行部位和生理特点解释伤寒传变的同时,还特别强调脉证合参以辨别病证的表里阴阳。他对外感热病分类命名,施以不同方药,在鉴别诊断和治疗方面具有独到见解。
朱肱先于大观二年(1108)著成《伤寒百问》一书,流传过程中渐有残缺。至大观五年(1112),张蒇据朱肱亲传缮本予以修订增补,终成20卷,改称《南阳活人书》。除此之外,还辑有《内外二景图》。