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许叔微是宋代研究《伤寒论》的大家之一，对辨证施治理论多有阐述和补充。他说：“伤寒治法，先要明表里虚实。能明此四宇，则仲景三百九十七法，可坐而定也。”在其学术思想中较突出的是对脾肾关系的理解，认为肾是一身之根抵，脾胃乃生死之所系，二者之中又当以肾为主，补脾“常须暖补肾气”。这一见解对后世进一步研究脾肾关系和临床座用,很有启发。他一生著述颇丰，辑有《本事方》(又名《类证普济本事方》)10卷、《续本事方》10卷(均收入《四库全书》)。著有《伤寒百证歌》5卷、《伤寒发微论》2卷、《伤寒九十论》(合称《许氏伤寒论著三种》)、《治法》、《辨证》、《翼伤寒论》、《仲景脉法三十六图》等书。《伤寒百证歌》，是以歌诀体裁将仲景方论编成100证，以便后学记习，遇有“有证无方”者，就以《千金》等所载之方补上;有议论不足者，多取《巢氏病源》及朱弘、孙尚、孙用和等人言论加以发挥。《伤寒发微论》共22论。第一论列举伤寒72证，详加阐释。第二论以下多为作者心得的零散札记。《伤寒九十论》，每论首记病例症状及治疗经过，加以评论，颇似今日之病案讨论。《普济本事方》是“漫集已试之方及所得心意，录以传远”的著作，按病分为23门，收录300余方;每方首列主治、方名及药味分量，次录治法、服法，后附一二个病例，并加评述。其中关于言气撅不可作中风候、益肾宜用滋补之品以及区别肠风、脏毒、血痔的不同等论点都颇有见地。许叔微于绍兴二十四年逝世，终年74岁，葬于马迹山檀溪村东麓。现马迹山建有许叔微故居“梅梁小隐”，有行迹“隐居泉”等。
许氏除传世的《伤寒百证歌》、《伤寒发微论》、《伤寒九十论》、《普济本事方》外，还撰有《仲景三十六脉法田》、《伤寒类论》、《治法》、《辩类》等，但均已散佚。
