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吴又可潜心于对痕疫的研究和钻研。他在借鉴前人对瘟疫的研究经验的基础上，通过对瘟疫的细致的观察和临床治疗，在1642年写出了《瘟疫论》—书。
他在《瘟疫论》中提出瘟疫病是由"戾气”引起的，书中还对“戾气”进行了细致的记述。他认为戾气是物质的，可以采用药物制服;戾气是通过口鼻进人体内，但是戾气是否能够导致瘟疫还要取决于戾气的毒力和量以及人体的抵抗力;戾气可以分成很多种类，种类不同的戾气侵犯脏腑的部位不同，所以引发的疾病的种类也有所不同;引发人类产生瘟疫和禽兽的瘟疫的戾气也是不同的;戾气不仅能够引发瘟疫，还可能会引发痘疹和疔疮等外科化脓感染。
《瘟疫论》中所记载的瘟疫病种类繁多，比如伤寒、感冒、大麻风、斑疹等，同时对“戾气”的记载也是非常全面的，这些发现在当时的生产力水平状况下是难能可贵的。在他之前，人们经常把外科疾病感染的原因归结为体内的“火邪”，吴又可却把它归结为“戾气”，这是中医发展史上的一次重大突破，为以后的瘟疫疾病的治疗提供了理论依据。吴又可在此书中还对伤寒病和瘟疫病进行了一系列的比较，其中包括二者的病因、证候、治疗、侵入途径等方面，这种对比丰富了瘟疫病学说的内容，对瘟疫病和伤寒病的治疗都提供了丰富的经验。
吴又可在治疗瘟疫病方面的创新使我们现代人受益匪浅，他的关于“戾气”致病的学说在现在的瘟疫病和传染病方面来说还是十分先进的。另外，他关于“戾气”的学说，给后世中医学家留下进一步研究的课题，因为关于“戾气”的物质本体，吴又可还没有给出详细的说明，人们可以按照他的思路，沿着他的脚步在瘟疫病研究上继续前进。
